Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP28Q96RU2 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 721.2 ms