Protein–RNA interactions for Protein: Q13596

SNX1, Sorting nexin-1, humanhuman

Predictions only

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX1Q13596 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SNX1Q13596 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SNX1Q13596 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms