Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX2P35548 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX2P35548 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX2P35548 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX2P35548 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSX2P35548 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSX2P35548 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSX2P35548 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX2P35548 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX2P35548 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms