Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SHMT2P34897 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms