Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SNHG28P0DPA3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SNHG28P0DPA3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 668.3 ms