Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CREB3L4-204ENST00000368603 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF202-206ENST00000529691 3384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TICRR-201ENST00000268138 6775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ABI2-213ENST00000424558 2240 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC093899.2-201ENST00000513963 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FSTL4-207ENST00000621681 2660 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 COL6A2-203ENST00000397763 3101 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SEMA4F-202ENST00000357877 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KIAA0895-203ENST00000338533 4132 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CRISPLD2-209ENST00000567845 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EDEM3-201ENST00000318130 6898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PCDHA6-201ENST00000378126 3267 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 C7orf57-203ENST00000430738 2056 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KIF3C-202ENST00000405914 3180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 COBL-205ENST00000441453 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GTF2IRD2B-203ENST00000472837 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SMIM12-206ENST00000521580 3454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NFATC4-219ENST00000555167 4364 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CTNNB1-202ENST00000396183 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TAOK2-204ENST00000543033 4072 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 STARD8-201ENST00000252336 4862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GNAO1-214ENST00000638705 3529 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZMYND15-206ENST00000592813 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TBX6-202ENST00000395224 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 F2-205ENST00000530231 1849 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PPFIA4-203ENST00000367240 6434 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC098936.1-201ENST00000442318 2885 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FIBCD1-204ENST00000448616 3119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CDC42SE2-202ENST00000395246 3485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CFLAR-206ENST00000395148 4415 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DKFZP434A062-201ENST00000573103 5021 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DDX31-202ENST00000372153 3285 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LRP8-203ENST00000354412 2553 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SNCAIP-203ENST00000379538 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 VIPR1-202ENST00000433647 3161 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CACNA1C-231ENST00000616390 2833 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EMILIN1-201ENST00000380320 3943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms