Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SLC25A5-201ENST00000317881 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SULT1A3-201ENST00000338971 1097 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MIR339-201ENST00000362153 94 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NUDT2-203ENST00000379158 1075 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TSTD1-206ENST00000466967 477 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NMNAT3-212ENST00000511444 873 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RN7SL162P-201ENST00000579233 292 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ERG-211ENST00000453032 1595 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC018904.2-201ENST00000561202 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC111188.1-201ENST00000525758 1833 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 FAM157C-201ENST00000563357 1806 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 OSCP1-201ENST00000235532 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 OSCP1-203ENST00000356637 1463 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CCDC42-201ENST00000293845 1374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SERF2-204ENST00000402131 586 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AP001331.1-201ENST00000413008 1015 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LINC00484-201ENST00000414768 561 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DMKN-211ENST00000436012 848 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HAND2-AS1-208ENST00000504740 837 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC022447.5-201ENST00000504817 392 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HNRNPC-221ENST00000555883 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ARPP19-206ENST00000564163 718 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GRAPL-204ENST00000577213 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CBR3-AS1-206ENST00000608632 659 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MIR6893-201ENST00000613458 69 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MEG8-221ENST00000636391 2155 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC090643.2-201ENST00000623442 2029 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 EXOSC7-201ENST00000265564 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GAST-201ENST00000329402 470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SLC35F2-201ENST00000375682 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CFL1P6-201ENST00000400899 494 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ZBTB46-AS1-201ENST00000435912 533 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PLA2G15-203ENST00000444212 943 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AP001102.1-201ENST00000528959 409 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL161668.2-201ENST00000531638 492 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HMOX2-213ENST00000575120 1027 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SFPQP1-201ENST00000446621 1786 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DDC-213ENST00000617822 1809 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SLC38A5-210ENST00000595796 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RDH12-203ENST00000551171 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 POP5-201ENST00000341039 913 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CMTM5-204ENST00000382809 378 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CRIP1P2-201ENST00000425396 228 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LINC01693-202ENST00000430123 357 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AK2P2-201ENST00000439142 405 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL662899.2-201ENST00000503322 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC024405.2-201ENST00000528459 810 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PCTP-206ENST00000573500 919 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 Metazoa_SRP.147-201ENST00000576563 312 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 EEF1DP7-201ENST00000580496 513 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC015922.3-201ENST00000582780 347 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RAB11B-205ENST00000601897 577 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC211476.2-201ENST00000608799 708 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PSME2-217ENST00000615264 874 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PSME2-218ENST00000630027 185 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TRIB1-203ENST00000520847 1332 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 138.2 ms