Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PANX2-202ENST00000395842 3051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SPOCD1-201ENST00000257100 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GPR4-201ENST00000323040 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PRAME-205ENST00000405655 2179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MTSS1-216ENST00000524090 2166 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CPN1-201ENST00000370418 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CR383656.2-201ENST00000548656 2254 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ADAMTS10-201ENST00000270328 4194 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RGMB-201ENST00000308234 4580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OLFML3-203ENST00000393300 1961 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZBED6CL-201ENST00000343855 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 USP17L6P-201ENST00000382470 1197 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KLHL32-206ENST00000544166 2864 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DPP3-209ENST00000531863 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OR6F1-204ENST00000641470 1762 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CNN2-202ENST00000348419 2033 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NFATC3-203ENST00000349223 6328 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AGBL2-205ENST00000528244 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TLN1-201ENST00000314888 8823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ALAS1-204ENST00000469224 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MARK2P9-201ENST00000430958 1727 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SEPT7-202ENST00000399034 4399 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DMTN-220ENST00000523266 2735 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC090826.2-201ENST00000568496 4946 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ADAMTS7P1-201ENST00000613213 4793 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CEACAM20-204ENST00000617951 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM173-201ENST00000330794 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL445209.1-201ENST00000607269 3491 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PPP2R1B-204ENST00000426998 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CHRND-206ENST00000543200 2918 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms