Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TP53I11-222ENST00000616990 3567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LIMD2-201ENST00000259006 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AHCY-205ENST00000538132 2366 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 UBE2I-204ENST00000397515 3109 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TSC22D3-204ENST00000372384 2199 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SETD1A-201ENST00000262519 6451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SLC29A4-201ENST00000297195 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SIGLEC6-201ENST00000343300 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ALPL-206ENST00000539907 2241 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 POU2AF1-201ENST00000393067 3295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CCP110-203ENST00000396212 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM123-201ENST00000361236 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IL1RAPL2-202ENST00000372582 2985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 BIRC2-208ENST00000532672 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SLC4A8-205ENST00000535225 2262 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LTB4R-203ENST00000396789 4110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GLB1L-201ENST00000295759 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TJAP1-208ENST00000438588 2716 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ACTG1-206ENST00000573283 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 HSPH1-202ENST00000380405 3480 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FES-201ENST00000328850 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LIMK1-208ENST00000538333 2170 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CAMKV-201ENST00000296471 2913 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 DSN1-207ENST00000448110 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 BVES-201ENST00000314641 5567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 BCKDHB-201ENST00000320393 3692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IKZF1-205ENST00000357364 5925 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 B4GALT3-202ENST00000367998 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RGS9-210ENST00000635833 2308 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PSKH1-201ENST00000291041 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SGK3-208ENST00000521198 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GFAP-201ENST00000253408 3135 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RAD23A-209ENST00000592268 1526 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIG1P18858 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms