Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC39Q9UFE4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms