Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
EXOSC4Q9NPD3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.4 ms