Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHFRQ96EP1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHFRQ96EP1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms