Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC88AQ3V6T2 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC88AQ3V6T2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC88AQ3V6T2 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC88AQ3V6T2 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms