Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP4Q13107 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP4Q13107 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP4Q13107 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
USP4Q13107 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP4Q13107 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
USP4Q13107 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP4Q13107 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP4Q13107 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP4Q13107 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP4Q13107 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP4Q13107 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP4Q13107 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP4Q13107 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
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