Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCA1P28370 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCA1P28370 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms