Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD9P28356 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms