Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A1P02462 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A1P02462 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms