Protein–RNA interactions for Protein: P28827

PTPRM, Receptor-type tyrosine-protein phosphatase mu, humanhuman

Predictions only

Length 1,452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRMP28827 RNF121-211ENST00000530137 2202 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 PUF60-204ENST00000456095 1736 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 FAM133B-204ENST00000445716 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 IFNAR2-201ENST00000342101 2606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.83
PTPRMP28827 Z82195.2-202ENST00000458525 1646 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 KRT37-201ENST00000225550 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 PIN4-203ENST00000373669 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TAGLN2-201ENST00000320307 709 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 C9orf24-202ENST00000379124 648 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 FAM25E-201ENST00000411791 322 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC064853.1-201ENST00000413096 540 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 PDZD9-201ENST00000424898 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 RN7SL148P-201ENST00000467120 279 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SMCO4-202ENST00000525141 889 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AP003168.2-201ENST00000531215 471 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AP003170.2-201ENST00000544730 786 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC109597.2-201ENST00000569407 927 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SLC50A1-214ENST00000622581 1245 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 LINC01137-201ENST00000424989 1395 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 LPGAT1-201ENST00000366996 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC026271.1-201ENST00000447794 1348 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TIMM23B-201ENST00000374098 1142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 MIR1307-201ENST00000408840 149 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC098649.1-201ENST00000427258 569 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AL121972.2-201ENST00000431108 556 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 HTATIP2-203ENST00000443524 967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC010894.2-201ENST00000444196 561 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 RN7SL2-201ENST00000490232 300 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC124242.1-203ENST00000517747 817 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 RN7SL4P-201ENST00000584058 295 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC093072.1-201ENST00000589196 602 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 LINC00967-203ENST00000518035 1502 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 MIR100HG-219ENST00000533109 1794 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ASMT-203ENST00000381241 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 DUT-208ENST00000559540 1441 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 GOSR2-209ENST00000575949 1444 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ELP4-228ENST00000640954 1612 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 EDDM3B-201ENST00000326783 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 IGHV1OR15-9-201ENST00000338912 353 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 MED27-202ENST00000357028 1281 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 FANK1-203ENST00000368693 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AL161644.1-201ENST00000426901 1111 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 IGFL1-201ENST00000437936 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC007690.1-201ENST00000451924 468 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 SMIM14-205ENST00000511809 830 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC027277.1-201ENST00000535363 533 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC003688.2-201ENST00000576271 415 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC008982.2-201ENST00000600473 493 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 GLIPR1L2-201ENST00000320460 1729 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 LINC00337-201ENST00000429480 1302 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
PTPRMP28827 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.8 ms