Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC114689.3-201ENST00000583687 2991 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PCDH8-201ENST00000338862 3708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MAGI2-218ENST00000630991 2349 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CICP8-201ENST00000455800 2813 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LINC01750-202ENST00000438293 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC005014.1-201ENST00000432006 2976 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 VPS26B-201ENST00000281187 3691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CPT1A-202ENST00000376618 2635 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 GOLIM4-202ENST00000470487 4373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 INMT-201ENST00000013222 2559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SIRPA-202ENST00000358771 3996 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ABCG8-201ENST00000272286 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ENO2-201ENST00000229277 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 TRDMT1-203ENST00000377799 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 NGEF-201ENST00000264051 3215 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC015712.2-202ENST00000560068 3213 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PTENP1-202ENST00000532280 3996 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SGK3-208ENST00000521198 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PRMT3-202ENST00000331079 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ZC2HC1A-201ENST00000263849 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SRA1-201ENST00000336283 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ATG9A-201ENST00000361242 3130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ARHGAP45-206ENST00000586866 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ARHGAP45-201ENST00000313093 4273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SNX19-211ENST00000533214 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms