Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC22A20-202ENST00000525437 3196 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ADAMTS13-205ENST00000371916 4330 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL1RL2-201ENST00000264257 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NUTM2E-201ENST00000429984 3292 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC015909.5-201ENST00000624336 2266 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ASH2L-201ENST00000343823 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL512306.2-201ENST00000444037 2219 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAN2B1-203ENST00000456935 3184 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PVR-205ENST00000425690 3325 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MARVELD2-203ENST00000436532 1563 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC007920.1-201ENST00000356133 2674 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATG9A-201ENST00000361242 3130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ZBED1-203ENST00000381223 4510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HSP90AA1-201ENST00000216281 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CDH23-201ENST00000224721 11139 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CDH23-214ENST00000622827 11122 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FAM156A-221ENST00000622447 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KIAA0895L-201ENST00000290881 3550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 B3GNT5-202ENST00000460419 3368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 H6PD-203ENST00000602477 5590 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KCNV1-201ENST00000297404 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SVIL-AS1-204ENST00000427063 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC073548.1-201ENST00000624088 1882 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PGBD2-202ENST00000355360 2879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GPR132-202ENST00000392585 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC00882-204ENST00000484698 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ANGPTL2-202ENST00000373425 3707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ARHGAP10-201ENST00000336498 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GPRC5B-209ENST00000569479 2984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC244021.1-201ENST00000417218 3662 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DMPK-219ENST00000600757 3357 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KIF7-201ENST00000394412 4551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SPHK2-201ENST00000245222 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SEZ6-203ENST00000360295 4306 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IGHG3-202ENST00000641136 2751 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 EP400NL-206ENST00000446190 3697 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CPA5-205ENST00000466363 2099 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CLEC18B-204ENST00000617101 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 130.3 ms