Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TP53AIP1-205ENST00000531399 806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC242376.1-201ENST00000559033 726 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC015909.3-201ENST00000572855 1794 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 FCRLB-202ENST00000367944 1172 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 FCRLB-203ENST00000367945 1131 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 CAMKMT-203ENST00000403853 1114 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms