Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SPPL3-201ENST00000353487 4148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CR382287.2-201ENST00000623370 1942 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SP6-202ENST00000536300 3848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 GLB1L-202ENST00000392089 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 COL6A1-207ENST00000612273 3251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 BAIAP3-202ENST00000397488 4583 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 GALNT3-201ENST00000392701 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 GP6-202ENST00000333884 2210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AOC1-201ENST00000360937 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZBP1-201ENST00000371173 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZNF34-201ENST00000343459 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZNF34-202ENST00000429371 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 C19orf66-202ENST00000397881 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC016876.1-201ENST00000415124 352 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MAGI2-218ENST00000630991 2349 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 USH1C-201ENST00000005226 2700 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIG1P18858 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SF1-201ENST00000227503 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TINF2-215ENST00000626689 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RSBN1-201ENST00000261441 6621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PDZD7-206ENST00000619208 4135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MTG2-201ENST00000370823 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 EHD4-201ENST00000220325 6416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CPT1B-202ENST00000360719 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CETP-203ENST00000566128 1733 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PTPA-205ENST00000357197 2653 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HEPACAM-201ENST00000298251 3602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TRIM13-202ENST00000378182 7249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PSIP1-204ENST00000380738 3364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GRB2-203ENST00000392562 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC01873-201ENST00000428647 1679 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAPRE2-201ENST00000300249 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAP3K3-203ENST00000577395 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SHCBP1-201ENST00000303383 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HIST2H2BF-201ENST00000369167 1954 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ABCG8-201ENST00000272286 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PHF14-201ENST00000403050 4276 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IFITM10-201ENST00000340134 3706 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL20RA-203ENST00000367748 3522 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIG1P18858 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms