Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC9Q9Y3X0 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC9Q9Y3X0 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms