Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.83
VSX1Q9NZR4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VSX1Q9NZR4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VSX1Q9NZR4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms