Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.5 ms