Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP28Q96RU2 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms