Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC112Q8NEF3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms