Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC16.46■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms