Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXD9P28356 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXD9P28356 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms