Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 COX8A-201ENST00000314133 507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LAMTOR4-209ENST00000488241 613 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RN7SL288P-201ENST00000490496 291 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC107464.2-201ENST00000502923 569 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC087620.1-201ENST00000520037 447 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 EHF-208ENST00000530286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PMFBP1-208ENST00000537792 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL359091.4-201ENST00000610052 409 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC091769.1-201ENST00000619576 568 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.157-201ENST00000622819 262 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MED11-201ENST00000293777 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GALP-201ENST00000357330 938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC106827.1-201ENST00000366454 431 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HDAC8-204ENST00000373560 819 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 KRT18P4-201ENST00000422599 1288 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RPS27L-203ENST00000439025 970 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GALP-202ENST00000440823 889 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC128689.1-202ENST00000459861 827 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 KLF17P1-201ENST00000547105 1126 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 NR4A1-209ENST00000548232 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC008735.2-201ENST00000589456 549 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SELENOW-202ENST00000593892 550 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 COQ4-204ENST00000608951 781 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC073578.2-201ENST00000618927 464 ntTSL 4 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC129778.1-201ENST00000623957 920 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC009975.2-202ENST00000634539 854 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 OSMR-AS1-204ENST00000636516 850 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CTSV-201ENST00000259470 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms