Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 ALKBH2-203ENST00000440112 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TMEM222-204ENST00000466759 368 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AC109479.3-201ENST00000520163 360 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AL049840.2-201ENST00000602722 535 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 ZFP1-201ENST00000332307 1502 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 GOLGA8VP-201ENST00000559009 1798 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 HPSE2-206ENST00000628193 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 RHD-209ENST00000568195 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 CLEC18B-204ENST00000617101 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 RTFDC1-203ENST00000395881 1572 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MMP7-201ENST00000260227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 STAT5A-208ENST00000587646 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 DSTN-203ENST00000474024 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 C20orf96-202ENST00000382369 1420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 KCNIP1-210ENST00000636734 1613 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 ACAD8-201ENST00000281182 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FAM3B-201ENST00000357985 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 IGHV1-3-201ENST00000390595 395 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC005486.1-201ENST00000466775 216 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ATF7-212ENST00000591397 860 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PEBP1P2-201ENST00000603980 558 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL627230.2-201ENST00000613254 655 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PPARG-205ENST00000397010 2017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC046130.1-201ENST00000501954 2179 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GGTLC4P-201ENST00000402176 664 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SPIN3-245ENST00000640768 1722 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
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