Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 DDX3X-211ENST00000615742 485 ntTSL 47.71□□□□□ -1.183e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 IST1-218ENST00000541180 635 ntTSL 1 (best)14.19□□□□□ -0.146e-28■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-210ENST00000567990 2855 ntTSL 516.55■□□□□ 0.247e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 DPYSL2-204ENST00000521913 4805 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.077e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 DPYSL2-206ENST00000523027 2130 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.187e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-209ENST00000567239 6376 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.197e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 DPYSL2-205ENST00000521983 591 ntTSL 412.83□□□□□ -0.367e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 DPYSL2-207ENST00000523093 728 ntTSL 212.83□□□□□ -0.367e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 DPYSL2-201ENST00000311151 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.5□□□□□ -0.737e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-204ENST00000426654 14219 ntTSL 1 (best)8.34□□□□□ -1.077e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-201ENST00000349945 13362 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.117e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-208ENST00000566899 4914 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.01□□□□□ -1.137e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-202ENST00000354436 13229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.43□□□□□ -1.227e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-212ENST00000627621 5875 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC6.16□□□□□ -1.427e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 NFAT5-203ENST00000393742 13067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.687e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 AC074091.1-201ENST00000505973 1741 ntTSL 2 BASIC11.07□□□□□ -0.642e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 ZNF512-204ENST00000416005 3515 ntTSL 2 BASIC10.02□□□□□ -0.812e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 ZNF512-202ENST00000379717 3417 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.35□□□□□ -0.912e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 ZNF512-201ENST00000355467 3541 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC9.21□□□□□ -0.932e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 ZNF512-203ENST00000413371 3703 ntTSL 2 BASIC9.2□□□□□ -0.942e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 ZNF512-208ENST00000556601 3543 ntTSL 1 (best) BASIC8.63□□□□□ -1.032e-6■□□□□ 9.7
SF3A3Q12874 EP400NL-203ENST00000392352 2172 ntTSL 225.89■■□□□ 1.748e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EP400NL-205ENST00000443539 1756 ntTSL 222.56■■□□□ 1.28e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EP400NL-202ENST00000389560 1726 ntTSL 1 (best)21.69■■□□□ 1.068e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EP400NL-204ENST00000407361 945 ntTSL 318.6■□□□□ 0.578e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EP400NL-207ENST00000454179 781 ntTSL 216.46■□□□□ 0.238e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EP400NL-211ENST00000539205 583 ntTSL 316.19■□□□□ 0.188e-9■□□□□ 9.6
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SF3A3Q12874 ZBTB40-204ENST00000404138 8992 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.33□□□□□ -0.762e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 ZBTB40-202ENST00000375647 8685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.832e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 ZBTB40-201ENST00000374651 8368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.852e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 PRKAB2-202ENST00000474939 578 ntTSL 411.07□□□□□ -0.646e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SLC26A6-210ENST00000431213 556 ntTSL 410.24□□□□□ -0.772e-12■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 TTC21B-201ENST00000243344 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.6□□□□□ -1.351e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 TTC21B-203ENST00000464374 1844 ntTSL 1 (best)6.55□□□□□ -1.361e-9■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.841e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.621e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SAP30BP-213ENST00000580484 686 ntTSL 317.58■□□□□ 0.44e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SAP30BP-211ENST00000579877 561 ntTSL 213.72□□□□□ -0.214e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SAP30BP-223ENST00000584240 834 ntTSL 511.8□□□□□ -0.524e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 DDX3X-207ENST00000610559 542 ntTSL 48.36□□□□□ -1.074e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 DDX3X-205ENST00000480592 1001 ntTSL 1 (best)6.23□□□□□ -1.414e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SAP30BP-218ENST00000583063 538 ntTSL 46□□□□□ -1.454e-6■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 TPI1-205ENST00000482209 328 ntTSL 28.59□□□□□ -1.034e-8■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EIF4A2-223ENST00000494445 629 ntTSL 27.26□□□□□ -1.258e-24■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 EIF4A2-225ENST00000496382 460 ntTSL 1 (best)5.84□□□□□ -1.478e-24■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 ACAA1-210ENST00000451419 964 ntTSL 39.68□□□□□ -0.868e-15■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SF1-221ENST00000633899 591 ntTSL 418.76■□□□□ 0.591e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SF1-208ENST00000432725 475 ntTSL 415.24■□□□□ 0.031e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 SF1-207ENST00000413951 623 ntTSL 215.16■□□□□ 0.021e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.021e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 PILRB-203ENST00000431140 772 ntTSL 313.22□□□□□ -0.291e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 PILRB-209ENST00000455145 902 ntTSL 511.99□□□□□ -0.491e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 DDX21-201ENST00000354185 4711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.031e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 HECTD1-211ENST00000555915 775 ntTSL 58.42□□□□□ -1.061e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 HECTD1-205ENST00000554027 556 ntTSL 23.88□□□□□ -1.791e-11■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 RNF43-206ENST00000582293 324 ntTSL 215.09■□□□□ 0.012e-17■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 RNF43-205ENST00000581868 2610 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.032e-17■□□□□ 9.6
SF3A3Q12874 FN1-214ENST00000460217 804 ntTSL 210.14□□□□□ -0.793e-16■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 FN1-210ENST00000438981 723 ntTSL 27.09□□□□□ -1.273e-16■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 FN1-222ENST00000485567 584 ntTSL 1 (best)4.63□□□□□ -1.673e-16■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 FN1-215ENST00000461974 571 ntTSL 24.54□□□□□ -1.683e-16■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-217ENST00000530650 2094 ntTSL 1 (best)22.78■■□□□ 1.246e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.886e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-216ENST00000529601 1671 ntTSL 220.03■□□□□ 0.86e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-224ENST00000533766 1547 ntTSL 519.48■□□□□ 0.716e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-215ENST00000529414 749 ntTSL 319.38■□□□□ 0.696e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-219ENST00000530892 691 ntTSL 219.07■□□□□ 0.646e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.546e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-214ENST00000529292 1305 ntTSL 518.14■□□□□ 0.496e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-221ENST00000531321 945 ntTSL 318.1■□□□□ 0.496e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-223ENST00000533646 486 ntTSL 217.96■□□□□ 0.476e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-205ENST00000525385 1014 ntTSL 517.43■□□□□ 0.386e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-211ENST00000528026 582 ntTSL 317.43■□□□□ 0.386e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-218ENST00000530750 365 ntTSL 517.43■□□□□ 0.386e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-203ENST00000524690 843 ntTSL 517.03■□□□□ 0.326e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-208ENST00000526809 829 ntTSL 516.85■□□□□ 0.296e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-225ENST00000534371 913 ntTSL 516.65■□□□□ 0.266e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-204ENST00000524986 729 ntTSL 316.41■□□□□ 0.226e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 TM7SF2-207ENST00000526085 570 ntTSL 512.19□□□□□ -0.466e-12■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 CTTN-214ENST00000532334 481 ntTSL 26.31□□□□□ -1.44e-15■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 PHF14-202ENST00000423760 2627 ntTSL 223.24■■□□□ 1.311e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-226ENST00000531278 584 ntTSL 222.17■■□□□ 1.141e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.981e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.741e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.721e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.471e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.391e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.371e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-225ENST00000530359 560 ntTSL 417.35■□□□□ 0.371e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.161e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.11e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.021e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.21e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.271e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MCM5-209ENST00000493076 4599 ntTSL 213.07□□□□□ -0.321e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 LAMTOR4-208ENST00000474831 564 ntTSL 312.89□□□□□ -0.351e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 LAMTOR4-202ENST00000441173 730 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.371e-7■□□□□ 9.5
SF3A3Q12874 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.381e-7■□□□□ 9.5
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