Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 IMMT-212ENST00000620815 1520 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 DSG1-202ENST00000462981 1857 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 TSC22D3-202ENST00000372382 1216 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 PPM1N-203ENST00000396737 872 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC074389.3-201ENST00000450458 454 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC099548.2-201ENST00000491047 571 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 MIR2278-201ENST00000516344 96 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 LINC00301-203ENST00000527161 749 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC073569.2-201ENST00000551995 354 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC009950.1-210ENST00000594622 553 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCAPERQ9BY12 PGRMC1-201ENST00000217971 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 GUCY1B2-205ENST00000532104 1912 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ALG3-205ENST00000445626 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ACTN4-203ENST00000424234 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NSMCE1-201ENST00000361439 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MRPL18-201ENST00000367034 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 IFNLR1-203ENST00000374418 674 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HNRNPA1P21-201ENST00000424115 961 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 IFI27L1-212ENST00000557218 413 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MT3-202ENST00000561640 514 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC079414.2-201ENST00000567157 1104 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC006116.2-201ENST00000589958 988 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CR392039.1-201ENST00000623217 204 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC010531.8-201ENST00000623341 685 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 F10-201ENST00000375551 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 C7orf49-214ENST00000620897 1349 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KRTAP6-1-201ENST00000329122 500 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 GAPDH-203ENST00000396858 1292 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SMAD9-IT1-201ENST00000437983 504 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC087071.1-201ENST00000469264 427 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RN7SL351P-201ENST00000469306 248 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 DUT-207ENST00000559416 635 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC009055.1-201ENST00000562656 781 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HIST2H4A-201ENST00000578186 583 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KLKP1-202ENST00000597246 1125 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms