Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TNNT3-201ENST00000278317 1210 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PSMB4-201ENST00000290541 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TNNT3-207ENST00000381589 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IGLV9-49-201ENST00000427632 409 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL035413.1-201ENST00000437898 507 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC006529.1-201ENST00000459978 637 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RPS23-207ENST00000511844 530 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MYL6-218ENST00000550697 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC018846.1-201ENST00000568231 183 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LAMP5-202ENST00000427562 1309 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IL17B-201ENST00000261796 696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF614-202ENST00000356322 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC004522.1-201ENST00000419978 654 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL157832.2-206ENST00000428178 601 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC023141.7-201ENST00000430646 407 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GNAT1-202ENST00000433068 1224 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL583839.1-201ENST00000445280 691 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MUSTN1-202ENST00000486659 622 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL928742.1-201ENST00000497397 548 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IGHEP1-201ENST00000521393 651 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC079174.1-201ENST00000552486 312 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL591122.2-201ENST00000624125 1853 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.2 ms