Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.863e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-201ENST00000448629 797 ntTSL 1 (best)20.43■□□□□ 0.863e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-203ENST00000426514 1493 ntTSL 1 (best)20.29■□□□□ 0.843e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SH2B1-212ENST00000567536 484 ntTSL 320.24■□□□□ 0.831e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-214ENST00000494741 1069 ntTSL 320.23■□□□□ 0.833e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.83e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.793e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-214ENST00000491389 616 ntTSL 219.99■□□□□ 0.793e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COQ9-203ENST00000562734 1039 ntTSL 219.89■□□□□ 0.773e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.773e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COQ9-215ENST00000568790 1027 ntTSL 219.86■□□□□ 0.773e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC5A6-213ENST00000461757 2307 ntTSL 219.85■□□□□ 0.774e-17■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 UBE3A-208ENST00000625681 654 ntTSL 519.79■□□□□ 0.763e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-205ENST00000464774 597 ntTSL 519.76■□□□□ 0.753e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-210ENST00000474185 582 ntTSL 319.66■□□□□ 0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SEPT9-227ENST00000590059 670 ntTSL 519.59■□□□□ 0.731e-13■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.725e-16■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.715e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NR5A1-201ENST00000373587 768 ntTSL 319.44■□□□□ 0.78e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.643e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.633e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.631e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-240ENST00000480730 2202 ntTSL 1 (best)18.93■□□□□ 0.623e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.581e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.563e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 E2F4-210ENST00000568485 707 ntTSL 218.45■□□□□ 0.548e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-203ENST00000418833 2196 ntTSL 218.4■□□□□ 0.543e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.543e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.523e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.513e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-208ENST00000470643 852 ntTSL 318.23■□□□□ 0.513e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-210ENST00000484168 1101 ntTSL 518.23■□□□□ 0.513e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.53e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-210ENST00000547555 1658 ntTSL 517.8■□□□□ 0.441e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AKT2-228ENST00000537834 1402 ntTSL 217.59■□□□□ 0.418e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-202ENST00000413165 856 ntTSL 517.43■□□□□ 0.383e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.373e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.363e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TRMT11-209ENST00000479748 2093 ntTSL 1 (best)17.25■□□□□ 0.351e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SGSM2-204ENST00000572841 2450 ntTSL 217.23■□□□□ 0.353e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-202ENST00000444362 1747 ntTSL 1 (best)17.15■□□□□ 0.343e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 GCN1-207ENST00000550471 918 ntTSL 317.12■□□□□ 0.332e-19■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.333e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.333e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.33e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.33e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-205ENST00000597434 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 216.91■□□□□ 0.33e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ARHGEF40-203ENST00000554514 2928 ntTSL 1 (best)16.91■□□□□ 0.35e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.295e-16■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.283e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.273e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-215ENST00000548390 549 ntTSL 216.68■□□□□ 0.261e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-220ENST00000549686 563 ntTSL 216.68■□□□□ 0.261e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.263e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-212ENST00000601704 565 ntTSL 216.54■□□□□ 0.243e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 INO80B-WBP1-201ENST00000441673 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.4■□□□□ 0.223e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.23e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.23e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.195e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.193e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FBXO41-202ENST00000519873 580 ntTSL 416.2■□□□□ 0.181e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-207ENST00000572242 2228 nt16.15■□□□□ 0.183e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COQ9-209ENST00000566388 1827 ntTSL 216.14■□□□□ 0.173e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-210ENST00000598567 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 316.13■□□□□ 0.173e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-216ENST00000548401 433 ntTSL 316.11■□□□□ 0.171e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 CMIP-212ENST00000623842 2685 nt16.09■□□□□ 0.172e-12■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-224ENST00000550446 562 ntTSL 316.07■□□□□ 0.161e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.165e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.165e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-215ENST00000601232 690 ntTSL 515.98■□□□□ 0.153e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AKR1A1-208ENST00000476957 910 ntTSL 315.93■□□□□ 0.145e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FKBP10-205ENST00000487489 578 ntTSL 215.92■□□□□ 0.142e-19■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.133e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-210ENST00000558319 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.133e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 STK25-223ENST00000470438 515 ntTSL 515.82■□□□□ 0.123e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-235ENST00000437116 1239 ntTSL 1 (best)15.81■□□□□ 0.123e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.123e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-205ENST00000595393 1471 ntTSL 215.74■□□□□ 0.113e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.113e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.11e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.13e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMC6-220ENST00000591756 475 ntTSL 215.58■□□□□ 0.085e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NUDT4-201ENST00000337179 9753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.083e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.073e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-205ENST00000546992 578 ntTSL 415.48■□□□□ 0.071e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-201ENST00000245222 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.073e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-206ENST00000598088 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.063e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TRIB3-203ENST00000449710 1070 ntTSL 515.37■□□□□ 0.055e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.041e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-209ENST00000547318 2001 ntTSL 1 (best)15.26■□□□□ 0.031e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-230ENST00000551477 1186 ntTSL 315.24■□□□□ 0.031e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-207ENST00000598574 1786 nt15.17■□□□□ 0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-234ENST00000434618 3759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.013e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 E2F4-207ENST00000566368 438 ntTSL 315.1■□□□□ 0.018e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.015e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-208ENST00000470536 765 ntTSL 215□□□□□ -0.013e-6■□□□□ 9.9
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