Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 TSPEAR-AS2-202ENST00000354333 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PPT1-213ENST00000641319 2388 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 C7orf57-204ENST00000435376 1925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 C7orf57-206ENST00000539619 1927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CR382287.2-201ENST00000623370 1942 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 IL1RN-201ENST00000259206 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PPT2-245ENST00000361568 1759 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ANO9-201ENST00000332826 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ARID3B-201ENST00000346246 4271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 WIZ-203ENST00000545156 4466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PCTP-207ENST00000576183 2680 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 YWHAQ-201ENST00000238081 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 GJB4-201ENST00000339480 2840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE27-202ENST00000357540 2765 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE27-204ENST00000370610 2769 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 NIPAL3-203ENST00000358028 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 HNRNPH1-203ENST00000393432 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 CALML3-201ENST00000315238 2763 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 ARRB1-202ENST00000420843 3336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 TLE1-203ENST00000376499 3893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 OR10AC1-201ENST00000439431 2898 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-218ENST00000630991 2349 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms