Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ROPN1B-203ENST00000505382 713 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KRT17P4-201ENST00000429445 819 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 EIF5AP2-201ENST00000585668 1047 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DGAT2L7P-201ENST00000602462 744 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NAMA-206ENST00000605377 509 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC018695.6-201ENST00000614011 534 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MIR3936HG-204ENST00000621103 1793 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FMC1-201ENST00000297534 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 IGLC1-201ENST00000390321 460 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ANXA8L1-206ENST00000619162 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms