Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 KLHDC8A-203ENST00000460687 1022 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 VDAC3-211ENST00000522572 799 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AP001184.1-201ENST00000637936 376 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC116609.2-201ENST00000431542 256 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC025154.2-202ENST00000552379 592 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 MIR3180-2-201ENST00000581748 88 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC27A5-204ENST00000594786 643 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TMEM176B-204ENST00000447204 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 RAB25-201ENST00000361084 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 LINC01563-201ENST00000456235 750 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SYNE4Q8N205 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms