Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMD1Q9UGP4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms