Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SCN3AQ9NY46 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms