Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP53Q70EK8 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms