Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ENPP7P8-202ENST00000527856 1345 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MC3R-201ENST00000243911 1084 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 JAZF1-AS1-201ENST00000436758 548 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 BRI3P1-201ENST00000440440 378 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SNRPF-204ENST00000552085 815 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AF111169.2-201ENST00000553758 721 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GOLGA2P7-209ENST00000560408 745 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MIR5001-201ENST00000580185 100 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MCEMP1-202ENST00000597445 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC010976.2-201ENST00000609697 852 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC012506.1-201ENST00000423706 525 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FKBP1B-205ENST00000452109 953 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FABP5P3-202ENST00000477993 1027 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC010504.1-201ENST00000591311 585 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AQP7-213ENST00000624075 1270 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CD79B-201ENST00000006750 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BBS1-203ENST00000455748 1552 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 VCX3A-202ENST00000398729 808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 152.2 ms