Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC009975.2-202ENST00000634539 854 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PSME2-201ENST00000216802 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PYY2-201ENST00000315776 282 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 STK16-203ENST00000409516 895 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NUPL2-202ENST00000410002 680 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CELP-201ENST00000411440 1249 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FRMD4A-208ENST00000493380 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CYB561D1-207ENST00000527072 892 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC018761.2-201ENST00000585496 296 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MRM2-201ENST00000242257 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC87Q9NVE4 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RGS5-216ENST00000449680 788 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC01154-201ENST00000548617 454 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CASP16P-204ENST00000635032 809 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LAIR1-209ENST00000434277 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MBD1-225ENST00000591535 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.9 ms