Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC20A2-208ENST00000520262 2992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 WDFY1-201ENST00000233055 4660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MYBBP1A-201ENST00000254718 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HLCS-201ENST00000336648 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 DHCR24-201ENST00000371269 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TP73-203ENST00000357733 4899 ntTSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 COL6A4P2-202ENST00000504443 2753 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HECTD2-201ENST00000298068 4802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GOLIM4-202ENST00000470487 4373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SIGLECL1-208ENST00000614422 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PKP1-203ENST00000367324 5384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP1-201ENST00000264638 5276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC104452.1-203ENST00000636166 2266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TONSL-201ENST00000409379 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MAP4K2-201ENST00000294066 7178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TPO-201ENST00000329066 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 COL6A2-201ENST00000300527 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ZBTB1-201ENST00000358738 4119 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 WASHC2C-210ENST00000623400 4616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MON1B-201ENST00000248248 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LRRC8C-201ENST00000370454 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ZEB2-204ENST00000409487 5361 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HDAC2-206ENST00000519108 2000 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC112229.3-201ENST00000603767 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC013271.1-201ENST00000640669 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CGB7-203ENST00000597853 3386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NEK4-201ENST00000233027 6057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms