Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AMT-256ENST00000638063 1783 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SUMF2-210ENST00000437307 947 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 NACA-221ENST00000552540 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 API5-208ENST00000531273 1868 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 LY6G6E-227ENST00000409239 776 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC107463.1-201ENST00000508605 667 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 KLF17P1-201ENST00000547105 1126 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 LINC01154-201ENST00000548617 454 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC115099.1-201ENST00000570413 362 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 GNAO1-205ENST00000563661 1351 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 IL17B-201ENST00000261796 696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SFT2D2-202ENST00000367829 491 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 HTATIP2-205ENST00000530266 713 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 ETV2-207ENST00000619399 994 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 KRT33A-201ENST00000007735 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
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TCOF1Q13428 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 TMEM182-201ENST00000409173 3198 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
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TCOF1Q13428 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 BX679664.3-201ENST00000414070 555 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC113935.1-201ENST00000471722 555 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 C3orf38-204ENST00000486971 1259 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SMIM6-201ENST00000556126 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 AC090825.1-202ENST00000560059 665 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
TCOF1Q13428 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
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