Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CCNB2-203ENST00000559622 1064 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AP007216.2-201ENST00000562094 299 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 STARD8-201ENST00000252336 4862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NBPF26-208ENST00000620612 4602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NIN-202ENST00000324330 4364 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 COL22A1-201ENST00000303045 6346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CCDC180-210ENST00000529487 5242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
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