Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC117503.4-201ENST00000623229 1418 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AL021707.6-201ENST00000609212 491 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ETV2-207ENST00000619399 994 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 IL17B-201ENST00000261796 696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 FAM163B-201ENST00000356873 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC097059.1-201ENST00000413103 885 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ANAPC15-217ENST00000545944 704 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CHRNA1-204ENST00000409323 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 AC027139.1-201ENST00000565286 951 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 EIF5AP2-201ENST00000585668 1047 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN9AQ15858 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 LINC00265-2P-201ENST00000413372 782 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
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