Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC041040.2-201ENST00000622926 2899 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FAM186B-201ENST00000257894 2944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DCHS1-201ENST00000299441 10765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TPO-201ENST00000329066 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
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