Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AFDN-203ENST00000366806 5962 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DNER-201ENST00000341772 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DTD2-201ENST00000310850 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TPO-205ENST00000382201 2956 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TRIM71-201ENST00000383763 8685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLC26A8-201ENST00000355574 3463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC013460.1-202ENST00000435062 2253 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 LINC01250-201ENST00000457478 2344 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMG8-201ENST00000300917 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PELP1-212ENST00000574876 3465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CPSF7-201ENST00000340437 3695 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMTN-223ENST00000619644 3227 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms