Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HNRNPH1-204ENST00000442819 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 GRIK5-201ENST00000262895 3493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SCARA5-201ENST00000354914 4026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PLEKHO2-202ENST00000616065 3569 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HEPACAM-201ENST00000298251 3602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 DYRK1B-202ENST00000348817 2448 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 LRIG3-201ENST00000320743 4070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MTF2-202ENST00000370303 1951 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TOR1AIP1-201ENST00000271583 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ACTR10-201ENST00000254286 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 SFMBT2-203ENST00000379713 2402 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PML-203ENST00000354026 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
HOXD4P09016 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms